Supongamos que damos de baja al empleado 2 el 5 de septiembre, primer día de la nómina semanal 36 (5 al 11 de septiembre):

En este caso, el sistema paga automáticamente 1 día de sueldo ordinario, ya que la fecha de baja se toma como día trabajado. Puedes verificar esto en Empleado Activo > Recibo de Empleado > Montos Prenómina:

Si no quieres que se pague ese día en la nómina, puedes cambiar la fecha de baja en el Kardex del empleado. Si ya reportaste la fecha al IMSS o simplemente no quieres cambiar la fecha de baja, puedes registrar una falta al empleado ese día.